Ciertos virus pueden infectar y destruir bacterias en los alimentos. Estos virus altamente especializados, que solo reconocen bacterias, se denominan bacteriófagos. Este hecho, conocido desde el año 2006, constituye actualmente la principal línea de investigación de la biotecnología aplicada a la industria alimentaria.

Existen estudios de bacteriófagos que destruyen bacterias tales como Streptococcus suis asociado con la producción de carne de cerdo, Campylobacter coli responsable de infecciones entéricas, Listeria monocytogenes o cepas de Salmonella y E. coli sobre superficies de hortalizas, piel de pollo y carne de res, entre otras.

La otra cara de la investigación se centra ahora en comprobar la inocuidad de los bacteriófagos para las personas, los animales y el medio ambiente. La obtención del genoma completo de los bacteriófagos y las pruebas de toxicidad permitirán constatar si estos microorganismos no contienen ningún elemento genético indeseable. En los últimos años, las autoridades en seguridad alimentaria (EFSA, FDA) han ido reconociendo algunos productos comerciales basados en fagos, como a buen seguro irán sucediéndose en los años próximos.